Etiket Arşivleri: RNA

Nükleik Asitler v2

NÜKLEİK ASİTLER

DNA ve RNA olmak üzere iki grupta toplanır.

Nükleotid denilen alt birimlerden meydana gelmiştir.

NÜKLEOTİD= BAZ+ŞEKER+FOSFORİK ASİT

NÜKLEOTİDLER-NÜKLEİK ASİTLERİN YAPI TAŞLARI

Nükleotid= azotlu baz + pentoz şekeri ( 5 karbonlu) + fosfat grubu içerirler

AZOTLU BAZLAR: İKİ ÇEŞİTTİR

9 atomlu, iki halkalı pürinler (Adenin, Guanin)

6 atomlu tek halka içeren pirimidinler (Sitozin, Timin, Urasil)

A,C,G,T ve U şeklinde simgelenirler.

A,G,C DNA ve RNA’da ortak bulunur

T->DNA’da, U->RNA’da bulunur.

ŞEKER= PENTOZ

Nükleik aside adını taşıdığı şeker verir.

Ribonükleik asitlerde-RİBOZ

Deoksiribonükleik asitlerde-DEOKSİRİBOZ bulunur.

Deoksiribozun ribozdan farkı C-2’ pozisyonunda OH grubu olmamasıdır.

Nükleik Asit Kimyası

Nükleozit- baz + şeker

NMP = nükleozit + 1 PO4

NDP = nükleozit +2 PO4

NTP = nükleozit + 3 PO4

Nükleik asitlerin yapı taşıdır

özel NTPs: ATP & GTP

NÜKLEOTİTLERDE BAĞLANMA

Nükleotid yapısındaki bağlar son derece özgüldür.

Şekerin C-1’ atomu azotlu bazla kimyasal bağ yapar.

Pürinlerde N-9, pirimidin ise N-1 atomu şekerin C-1’ atomu ile bağ yapar.

Nükleotidlerde fosfat grubu, şekerin C-2’, C-3’ yada C-5’ atomu ile bağ kurar.

Bu yapı, biyolojik sistemlerde en yaygın olan ve DNA ve RNA’da bulunandır.


Kaynak: https://abs.mehmetakif.edu.tr/melikebaran

Nükleik Asitler

NÜKLEİK ASİTLER

Nükleik Asitler

DNA ve RNA nükleik asitleri oluşturur

Genetik bilginin nesiller boyu aktarılması ve bunun proteinlere tercüme edilmesinde görev alırlar

Nükleotid ünitelerinden oluşurlar


Nükleik Asitler ( Dr. Gökhan DURMAZ )

Nükleik asitler DNA ve RNA nükleik asitleri oluşturur. Genetik bilginin nesiller boyu aktarılması ve bunun proteinlere tercüme edilmesinde görev alırlar. Nükleotid ünitelerinden oluşurlar 1 Nükleotidler 2 Azotlu bazlar

Şekerler n RNA’nın yapısında riboz n DNA’nın yapısında deoksiriboz bulunur 2 no’lu karbona bağlı bir oksijen çıkmış 4 Baz, Nükleozid ve Nükleotid 5 Nükleotidler n Nükleotidler nükleozidlerin posfat gruplarıyla esterleşmiş halleridir n Özellikle ATP, ADP ve AMP biyolojik sistemlerde enerji taşıyıcı moleküller olarak işlev görürler

Nükleotidler Beta-N- glikozidik bağ Fosfat Baz grubu Şeker 7 Nükleotidler 8 Nükleik asitler Fosfodiester bağı RNA DNA tek zinciri

Nükleik asitlerde baz eşleşmesi n Guanin sitozinle, adenin (veya RNA’da urasil) de timinle eşleşir n Bağlanma hidrojen bağlarıyla gerçekleşir n G-C bağı A-T bağından daha güçlüdür n DNA’nın iki zincirini bir arada kalmasını sağlar 10 DNA n İki polinükleotid zinciri karşı karşıya gelir, n Bazlar arasında hidrojen bağları oluşur n Zincirler birbirine göre ters yönde yer alırlar yani birinin 5` ucuna diğerinin 3` ucu karşılık gelir n Hidrofobik ekileşimler de çift sarmalın stabilitesine ktkıda bulunur 11 DNA n DNA’nın baz dizilimi önemlidir ve canlıların tüm özellikleri bu şifrede saklıdır TGCAT 5’ fosfat ucu 3’ OH ucu

DNA DNA’sı hücre dışına dağılmış bir E.coli 13 DNA’nın 3 boyutlu yapısı 14 Ökaryotik ve prokaryotik DNA n Prokaryotlar’da DNA halkasal, ökaryotlarda ise iki ucu açık olarak bulunur. Mitokondri DNA’sı da prokaryot DNA’sına benzemektedir

DNA’nın denatürasyonu 16 DNA’nın kendini eşlemesi 17 DNA’nın kendini eşlemesi (replikasyon çatalı) DNA’nın kendini eşlemesi iki yönde birden gerçekleşir

DNA genetik bilgiyi taşır (Griffith) 19 DNA genetik bilgiyi taşır 20 DNA genetik bilgiyi taşır (Hershey)

DNA genetik bilgiyi taşır Biyokimyasal kanıtlar; n DNA’nın baz kapsamı türden türe değişiklik gösterir n Bir türün farklı organlarındaki DNA’lar aynıdır, n DNA yaş, beslenme gibi çevresel koşullardan etkilenmez, n A/T ve G/C oranı sabittir ve 1 civarındadır, n Birbirine yakın türlerin DNA’ları benzer uzak türlerin farklıdır. 22 RNA n DNA’dan farklı olarak; q Timin yerine Üridin içerir q Deoksiriboz yerine riboz şekeri içerir n mRNA, tRNA, rRNA ve ökaryotlarda snRNA olmak üzere dört farklı yapı ve işleve sahip RNA vardır n Hücrede miktar olarak DNA’dan daha fazla bulunur n Ömürleri kısadır ve sürekli sentezlenip yıkılırlar n Genellikle tek zincir halinde bulunur ama kısmen DNA gibi çift sarmallı olarak da bulunur 23 mRNA n DNA’daki genetik bilgiyi proteine taşıyan mesajcı moleküllerdir n Ökaryotlarda proteine tercüme edilmeden önce modifiye edilirler

tRNA 25 rRNA n Ribozomun %60’ı rRNA’dan oluşmuştur n Oldukça yüksek düzeyde çift sarmal yapısı gösterirler 26 Faydalı olabilecek linkler n Central dogma n DNA’nın kendini eşlemesi n DNA’nın genetik materyal olduğunun ispatı


Bakteri Genetiği

DNA
•Bakterilerde genetik yapı
•Birimleri nükleotidler
•Fosforik asid, deoksiriboz ve organik baz
•Purin; A, G
•Primidin; T, C
A=G A+T ≠ G+C C=T
DNA
A=G C=T A+T ≠ C+S
•A+T/C+G oranı, her canlı türü için özgül olup değişmez karakterdedir. Mikroorganizmaların sınıflandırılmasında bu özellikten yararlanılmaktadır.
•C+G/DNA molekülüne oranı birbirine yakınlık gösteren mikroorganizmalar aynı cins ve tür içine dahil edilmektedir.
RNA
—Üç tip RNA molekülü bulunmaktadır.
—Massenger RNA (= mRNA):Her biri ayrı bir protein molekülünün yapımından sorumlu genlerdeki bilginin, proteinlerin yapım yeri olan ribozomlara ulaştırılmasını sağlayan moleküldür.
—Ribozomal RNA (= rRNA): Hücredeki tüm RNA’nın %80 i rDNA yapısındadır. Bu RNA ribozomlarda protein yapılara bağlı olarak bulunur.
—Taşıyıcı RNA (=tRNA): Ortalama 80 nükleotidden oluşmuştur. Görevi sitoplazmadaki aminoasitlere bağlanıp onları aktive ederek, ribozomlara yerleşmiş bulunan mRNA’daki uygun kodonlara taşımaktadır.
—Bakterilerde Genetik Değişiklikler
—Mutasyon : DNA’daki gen yapısını oluşturan nükleotid çiftlerinin sıralanmasında veya yapısında oluşan, sentez edilecek olan proteinin yapısını ve dolayısıyla işlevini saptırıcı nitelikteki sürekli değişikliğe denir.
—Bütün canlılarda, normal olarak çok düşük oranlarda kalmak üzere, kendiliğinden mutasyonlar oluşur. X ışınları ve bazı maddeler yardımı ile mutasyon oranı arttırılabilir.

—Transformasyon : Ortamda ikinci bir canlı hücre veya bakteriyofaj bulunmaksızın, verici hücre tarafından ortama bırakılmış DNA’nın alıcı hücre tarafından kullanılarak, yeni bir hücre oluşmasıdır.
—Bunun en güzel örneği, pnömokoklarla yapılan deneylerdir. Kapsül oluşturmayan pnömokok kültürüne, kapsül oluşturma yeteneği olan erimiş pnömokok kültür ekstraktı (DNA’sı) eklendikten kısa bir süre sonra, elde edilen yeni pnömokokların, kapsül yaptıkları saptanır.
—Transdüksiyon : Bir bakteriyofaj aracılığıyla, bir bakteriden diğerine genetik madde aktarılması olayıdır. Bakteriyofajlar, nükleik materyal olarak DNA’ya sahip bakteri viruslarıdır.
—Konjugasyon : Genetik maddeyi verici ve alıcı hücrenin yanyana gelerek aralarında köprücük oluşması sonucu genetik maddenin aktarılmasıdır.
—Konjugasyonda verici DNA’sının tümünün veya bir segmentinin, bu hücrede oluşan özel
—seks pilusu aracılığıyla, alıcı hücreye direkt aktarılması olayına konjugasyon denir. Verici durumda olma yeteneği hücrede bulunan ve nakledilebilir bir genetik element olan plasmidler —tarafından tayin edilir.
PLAZMİDLER
—Bakteri kromozomundan ayrı olarak bulunan, replike olabilen, içinde bulundukları bakteriye bazı özellikler kazandıran ve bu özellikleri genetik kontrol altında tutan DNA yapısındaki elementler.
—Plazmidlerde kendi replikasyonlarını sağlayan genler ve fenotipik karakterleri yöneten bir veya daha çok sayıda genler bulunur. Bazı plazmidlerde bakteriden bakteriye kendi transferini (=naklini) sağlayan tra genleri (transfer genleri) bulunur.
—Bu özellikte olanlara konjugatif plazmidler adı verilir. Bu tür genleri içermeyenlere ise konjugatif olmayan plazmidler denir. Konjugasyon yeteneği olmayan plazmidler, ancak F faktörünün bakteride bulunması ya da konjugatif plazmidler aracılığıyla bir bakteriden başka bakteriye aktarılabilir.

—F faktörü: Bu faktör bir plazmid olup, çembersel çift iplikli DNA yapısındadır. Kromozomla
—eş zamanlı ancak ondan bağımsız olarak replike olabilme yeteneğindedir. Bu faktörü
—taşıyan bakterilere F+bakteri denir. F+ (verici) bir bakteri F- (alıcı) bir bakteri ile yan yana
—gelip aralarında köprüler oluşturarak alıcı hücreye F faktörünü veya aynı anda bakterinin
—kromozomumdan bir parçayı aktarabilme yeteneğine sahiptir
—Col plazmidleri: Bu plazmidler genel anlamda bakteriyosin yapımından sorumlu
—plazmidlerdir. Bakteriyosin, özellikle enterik bakteriler tarafından üretilen ve diğer bakteriler
—üzerine eritici etki gösteren maddelerdir.
—R plazmidleri: Özellikle Gram negatif bakterilerde antibakteriyel ajanlara karşı kromozom dışı dirençliliğin bakteriden bakteriye aktarılmasını sağlayan elementlere R plazmidleri —denir. R plazmidlerin de genellikle kendi aktarımını sağlayan rezistans transfer faktör —bulunmaktadır. R plazmidi aktarılan bakteride bir çok antimikrobik ajana karşı toplu diren砗gelişmektedir.

—Conjugation in bacteria – transfer of an F factor

—In cases where the F factor resides in the genome as an integrated copy (Hfr strain, where Hfr = high frequency recombination), then the rolling circle is the entire E. coli chromosome!